Pues va a ser que es por eso. Así que la solución viene a ser sustituir OpenJDK por sun-java6. Para ello primero desinstalamos OpenJDK. Yo lo hago desde Synaptic que me entero mejor. Marcamos para desinstalar openjdk-6-jre y con ello se deberían ir otros paquetes dependientes. Creo que vale con eso.
Y posteriormente marcamos para instalar sun-java6-jre. Creo que con esto valdría ya para funcionar, es posible que haya otros paquetes que se puedan desinstalar, y otros que sea necesario instalar a mayores de las dependencias que indica. Lo vemos rápido abriendo JDownloader a ver si funciona.
La diferencia en velocidad de funcionamiento es bastante notoria.
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